Se han encontrado en el término municipal, y en sus alrededores, yacimientos prehistóricos bastante importantes y que fueron excavados durante los primeros años del s. XX. El arco cronológico que abarcan estos emplazamientos demuestra tanto un temprano poblamiento como una gran continuidad. Va desde el Eneolítico y Edad del Bronce de los yacimientos de El Olivar de Macipe, El Subidor, la cueva de Tarracle y el barranco de Valdoria, hasta la villa romana encontrada en el vecino Regadío de Urrea. Y a esto hay que sumarle varias localizaciones pinturas rupestres de estilo levantino.Más recientes han sido las investigaciones que demuestran la existencia de asentamientos (no se sabe hasta que punto estables) de visigodos. Una hebilla encontrada en las cercanías del núcleo urbano y varias tumbas medievales en los alrededores hacen pensar en una presencia mayor de este grupo de lo que se suponía.
Pocos datos se conservan del Albalate musulmán. Edificado el pueblo a la orilla del Martín y protegido de los vientos por varias colinas, su estructura (en cuesta y con calles estrechas) es su mayor herencia. Se conserva restos de una muralla (de difícil datación), y los cimientos del castillo y, pudiera ser, de la iglesia.
Conquistado por Ramón Berenguer IV, fue cedido a la Mitra de Zaragoza, convirtiéndose el Arzobispo en señor temporal de la villa, encargado del gobierno y de la justicia, y propietario de varios derechos, entre ellos uno sobre las aguas del río Martín y otro sobre los molinos de aceite. Durante esta época, Albalate llegó a ser un núcleo importante de la zona, como lo demuestra la existencia de un barrio judío (siendo éste un pueblo eminentemente urbano).
Durante la Edad Media Albalate comprendía también los municipios de Andorra, Almochuel y Arcos, este último actualmente desaparecido. En 1318 la villa empieza a ser conocida como Albalate del Arzobispo y comienza a edificarse el castillo gótico que se convertirá en residencia arzobispal y almacén.
Durante los silos XV y XVI se levanta la nueva iglesia de la Asunción (sobre los restos de una anterior de la que se conserva la torre) y la ermita de la Virgen de Arcos, una hermosa construcción manierista.
El siglo XVIII representará otra época dorada para el municipio. Apoya a Felipe V en su disputa por el trono contra los Austrias durante la guerra de Sucesión y con eso se gana las 3 “flores de lis” (símbolo Borbón) que adorna su escudo. Se construye el puente y la iglesia de San José. Y grupos ilustrados introducen una nueva raza de olivo que iba a tener una gran aceptación: el empeltre.
La evolución de la población continuaría, aunque fue duramente castigada por varias guerras durante el siglo XIX y XX. Especialmente crueles fueron la Primera Guerra Carlista y nuestra Guerra Civil, que aunque no causaron daños materiales significativos, produjeron gran mortandad. Un descenso de población agravado a partir de los años 50 con la emigración (principalmente a Zaragoza y Cataluña) y de cuyos efectos el pueblo se va recuperando poco a poco gracias a la llegada de nuevos pobladores de otros países.